¿Què li va passar al temple d'Ermengol i Eribau que tot just passats uns cinquanta anys amenaçava ruïna i obligà el bisbe Ot a procedir a la seva total reconstrucció? No en sabem res. Ot, venerat també com a sant -i Patró de La Seu d'Urgell-, regí la diòcesi del 1095 al 1122. Era fill dels comtes del Pallars, Artau i Llúcia. D'ell es conserva la carta amb què es dirigeix als seus fidels, atorgant abundoses indulgències a tots els qui amb llurs donatius anyals contribueixin a refer la catedral "quasi esberlada" ("pene fracta"). La resposta del poble degué ser extraordinària. Per testaments i altres escrits ens consten molts dels donatius que al llarg de tot el segle XII es van fent "per a l'obra de Santa Maria", provinents dels punts més diversos del bisbat i de totes les classes socials. És emocionant llegir en els vells pergamins els noms dels donants i els dels seus pobles o dels béns que atorguen.

Les obres, dirigides per "mestres operaris", avançaven de forma decidida però lenta..., al ritme de les donacions o també dels acondicionaments laborals. Després de sant Ot, els bisbes Pere Berenguer, Bernat Sanç i Bernat Roger continuaren l'empresa. Arnau de Preixens (1167-1195) li donà l'empenta final. Concretament l'any 1175 trobem que fa una contracta amb un tal Ramon Lambard, per la qual aquest es compromet en un plaç de 7 anys a cloure les voltes, aixecar els campanars una filada per damunt d'elles i acabar el cimbori. El document és interessant també per a fer-nos càrrec de les condicions de treball dels "arquitectes" en aquell temps (disposició dels béns necessaris, manutenció assegurada, etc... ). Altres referències sobre R. Lambard no són prou clares. ¿Havia treballat ja abans en les obres de la catedral? ¿Venia de la Llombardia italiana ell mateix o el seu cognom expressa simplement l'ofici de "picapedrer", que grups d'artistes llombards havien estés i perfeccionat des d'anys enrera en les nostres terres? El que sí és ben cert és que la catedral que avui ens admira té una evident influència de l'art romànic que des del nord d'Itàlia, s'estengué pel sud de França i pels comtats de la Catalunya Vella. La preciosa catedral de Mòdena (1099-1106), de Como (1095-1117), Santa Maria de Bérgamo (1137), la catedral d'Spira (1159), Sant Crisògon de Zara (1175), etc., etc... en són testimonis.

Però en quin estat es trobaven les obres, en fer-se'n càrrec Lambard? La contracta no parla de l'absis. Estaria ja acabat? De totes maneres la influència llombarda hauria estat total des dels inicis de l'obra. Aquesta raonable hipòtesi dóna encara més representativitat al nostre temple. Sigui com sigui, el 1182 Ramon Lambard havia complert bàsicament l'encàrrec. Fins devia haver alçat l'airós campanaret de la façana principal. Com, però, havien de seguir les obres en endavant? Com s'havien d'acabar les grans torres laterals i el pòrtic de l'entrada? Es pensava en la construcció d'un claustre, tal com es féu un xic més tard? Lamentablement no tenim el menor rastre de cap projecte... I la catedral ha perdurat com la deixà Lambard.

Un període agitadíssim políticament impedí el coronament de tot. Als darrers temps del pontificat d'Arnau de Preixens les hostilitats del vescomte de Castellbó foren contínues. Retirat el bisbe al monestir de les Avellanes (primavera del 1195), fou elegit Bernat de Castellbó, però aquest també, espantat per les greus dificultats en què es trobà, es va retirar tot seguit al monestir d'Aspirà, al Rosselló. Els exèrcits del vescomte de Castellbó i de Ramon Roger de Foix (protector dels albigesos en els seus territoris) invadiren el bisbat d'Urgell, probablement la tardor del mateix any 1195. La ciutat de La Seu fou assetjada, van cremar part de la vila, la catedral fou saqueada i es van cometre els excessos mes horribles. Diu Puig i Cadafalc en el seu llibre sobre la catedral, p.55: "A causa de tantes malvestats tornaren a molt menys les seves rendes; fou dissolta en ella la vida en comú i les deixes ja són per altres finalitats diferents de les sumptuositats artístiques. Després ja no es pensa a continuar les obres. El període de glòria s'havia clos i començava la decadència". Explica tot això que, sobre el que veiem avui com obra primitiva, s'alcessin successivament parets de mamposteria, construint amples estances sobre les naus, i sobre els espaiosos campanars, coronats de pressa amb llosats piramidals de quatre cares..., tot a fi de convertir l'edifici en vertedera fortalesa de defensa, on els habitants de la ciutat podien refugiarse durant els esclats de violència. Massa sovint fou útil en aquest sentit. La fesomia i estructura de la catedral restà així alterada exteriorment durant vuit segles, fins que, a partir dels anys 1950, s'emprengué la neteja d'afegits i aparegué l'obra en el seu esplendor primitiu.