El Museu Diocesà d’Urgell es crea l’any 1957 durant l’episcopat del bisbe Ramon Iglesias Navarri, sent l’última col·lecció diocesana que es formà a Catalunya.
Té els seus antecedents en una exposició d’Art Sacre oberta de forma regular a la sala Capitular amb les peces del tresor de la Catedral i promoguda pels amics de la Salle-un grup d’exalumnes que al 1956 proposen al capítol de la Catedral la possibilitat de la creació d’un museu-.
Aquest primer Museu parteix amb una cinquantena de peces procedents de la Catedral i de l’església de la Pietat i té com a director Mn. Pau Vidal. A partir d’aquell moment la col·lecció es va anar incrementant amb noves incorporacions, com alguns documents procedents de l’arxiu capitular, el Beatus, la Butlla del papa Silvestre II, i altres objectes procedents de les diferents parròquies de la diòcesi que arriben entre els anys seixanta i setanta, a través de la Comissió Diocesana per al Patrimoni.
El 15 de juny de 1969 s’obren unes noves instal·lacions amb el condicionament de l’església de la Pietat com a museu. Aquest nou espai aporta obres pròpies al fons de la col·lecció com el retaule de la Pietat i el conjunt de la Dormició, realitzades per l’escultor Jeroni Xanxo.
Al 1975 el Bisbe Joan Martí Alanis nomena director a Mn. Albert Vives, càrrec que ocuparia fins a l’any 1990. Durant els primers anys d’activitat va realitzar la confecció d’un inventari i d’un catàleg del Museu, que Mn. Vives va anar publicant a la revista diocesana Urgellia, desglossat per col·leccions. Als anys vuitanta es fan noves reformes i el 4 de juny de 1988 s’inauguraren les noves instal·lacions del Museu Diocesà d’Urgell, amb l’ampliació de les sales d’exposició permanent a l’antic edifici del Deganat i la capella de Fàtima. En aquest període s’incorporen obres significatives com el calze i la patena de Núria, el retaule de Sendes o la nova presentació de la pintura mural de la volta de Baltarga, i l’arc triomfal d’Aineto.